齊魯網(wǎng)·閃電新聞2月25日訊 近日，閃電新聞?dòng)浾邚纳綎|省自然資源廳獲悉，山東省林草種質(zhì)資源中心專家團(tuán)隊(duì)破解國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生植物-玫瑰T2T基因組。

據(jù)了解，野生玫瑰（Rosa rugosa）是國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生植物，隸屬于薔薇科薔薇屬。薔薇屬植物是世界上最受歡迎和栽培最廣泛的觀賞植物之一。先前發(fā)布的玫瑰基因組都有大量未確定或缺失的區(qū)域，這阻礙了玫瑰的功能基因組學(xué)和遺傳改良的研究。近日，山東省林草種質(zhì)資源中心正高級(jí)工程師劉丹課題組破解野生玫瑰首個(gè)T2T無(wú)間隙參考基因組并揭示調(diào)控花色素合成的轉(zhuǎn)錄因子。

該研究測(cè)序、組裝和注釋了野生玫瑰的高度連續(xù)、完全、端粒到端粒（T2T）參考基因組，鑒定了基因組上的rDNA、端粒及著絲粒序列，為野生玫瑰種質(zhì)資源的遺傳評(píng)價(jià)和種質(zhì)創(chuàng)新奠定堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)，也為野生玫瑰的遺傳學(xué)和育種學(xué)提供了重要資源。

該研究使用PacBio HiFi、ONT ultra-long和Hi-C測(cè)序數(shù)據(jù)，對(duì)野生玫瑰進(jìn)行了端粒到端粒（T2T）的從頭組裝，結(jié)果顯示玫瑰參考基因組長(zhǎng)度為444.55 Mb，含有34,109個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因。課題組結(jié)合多個(gè)已發(fā)布基因組構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。系統(tǒng)發(fā)育樹表明，野生玫瑰和月季起源于同一祖先，約550萬(wàn)年前分化為兩個(gè)物種。基于該T2T基因組，課題組進(jìn)一步注釋了花青素合成通路基因，揭示了潛在調(diào)控花青素生物合成的轉(zhuǎn)錄因子。

相關(guān)論文發(fā)表在Horticultural Plant Journal，該期刊位于中國(guó)科學(xué)院大類學(xué)科1區(qū)，小類學(xué)科園藝1區(qū)，農(nóng)林科學(xué)1區(qū)，最新影響因子5.7。山東省林草種質(zhì)資源中心正高級(jí)工程師劉丹為該論文的第一作者，高級(jí)工程師劉鵾、正高級(jí)工程師仝伯強(qiáng)為論文的共同第一作者，解孝滿研究員為該文的通訊作者，北京林業(yè)大學(xué)、南京林業(yè)大學(xué)、中國(guó)科學(xué)院、瑞典于默奧大學(xué)等單位參與了本研究。該研究獲得國(guó)家林業(yè)和草原局野生植物保護(hù)管理、山東省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃（重大科技創(chuàng)新工程）等項(xiàng)目的資助。